Dice Josefo que al morir Juan Hircano (Hircano I) en 105/ 104, su esposa lo reemplazó como gobernante civil, y su hijo Aristóbulo (I) como sumo sacerdote. Pero Aristóbulo hizo morir de hambre a su madre, aprisionó a tres de sus hermanos y asumió el doble título de gobernante y sumo sacerdote. Su hermano Antígono lo ayudó en el gobierno hasta que cayó en desgracia y fue asesinado.
En su breve año de gobierno, Aristóbulo guerreó contra los itureos, pueblo pagano del norte. Cuando tomó a Galilea, obligó a los habitantes - como se había obligado a los idumeos - a que se circuncidaran y aceptaran el judaísmo.
Cuando Aristóbulo murió (103), su viuda Alejandra (Salomé) sacó de la prisión a su hermano Alejandro Janneo, se casó con él, y lo nombró gobernante y sumo sacerdote. Alejandro, y quizá Aristóbulo antes que él, se añadió el título de rey.
Alejandro mató a su otro hermano preso, y apaciguó a los fariseos dándoles importantes cargos en el gobierno. Entonces hizo planes para conquistar distritos circunvecinos para que el reino de Israel recobrara el territorio que aproximadamente había ocupado en los días de David.
El primer ataque de Alejandro contra Tolemaida, en la costa, al oeste de Galilea, envolvió a los Judíos en una lucha entre Tolomeo VIII Látiro (o Evérgetes) y su madre Cleopatra III, de Egipto. Alejandro Janneo fue derrotado no sólo en Tolemalda sino también en Gaza y otros pueblos Judíos. Sin embargo, permaneció como señor de los territorios ocupados.
Alejandro Janneo fue sumamente detestado por los judíos, tanto en Jerusalén como en el ejército. Como sumo sacerdote, una vez se presentó ante el altar para ofrecer sacrificios y el pueblo le arrojó limones. Se enfureció por eso, y ordenó matar a más de 6.000 personas. Posteriormente estalló una guerra civil en la cual los judíos por un tiempo, se aliaron con un príncipe seléucida contra su propio rey que perseguía bárbaramente a los fariseos.
Alejandro Janneo, a pesar de sus muchos defectos, conquistó territorios al este del jordán y en la antigua costa filistea. Así extendió los límites del país hasta donde habían llegado aproximadamente durante el apogeo de la antigua monarquía hebrea.
