Aunque el proceso fue lento, las colonias griegas jónicas en la costa oriental del mar Egeo, antiguamente sometidas a Lidia, fueron incorporadas al Imperio Persa junto con Lidia.
Medio siglo después de Ciro, la ayuda proporcionada a los jonios revolucionarios por los griegos europeos causó la venganza de Persia.
Las ciudades-estados de Grecia, que habían demostrado ser incapaces de cualquier acción concertada duradera debido a intensos celos e intrigas, se vieron obligadas a proceder unidas ante la amenaza persa.
Las campañas de Darío I y Jerjes contra los griegos fracasaron primero en Maratón (490 a. C.), y posteriormente en Salamina (480 a. C.) y en Platea (479 a. C.).
Por ese mismo tiempo los persas sufrieron graves pérdidas en Micala, en la costa jónica.
En esta forma Grecia se salvó del Imperio Persa, y los griegos jónicos (de las islas del Egeo y de la costa occidental del Asia Menor) se unieron en una liga defensiva con Atenas y otras ciudades-estados griegas que habían ayudado a derrotar a Persia. Este período del liderazgo de Atenas fue la edad de oro de la cultura griega.
En 431 comenzó la guerra del Peloponeso que duró más de 25 años. Atenas y Esparta lucharon por la supremacía, y ambas fueron suplantadas por Tebas. Esta guerra debilitó aún más a los Estados griegos, lo que dio a Persia la oportunidad de hacer que los griegos pelearan entre sí.
Mientras Grecia se hallaba sumida en conflictos, Macedonia - país semigriego del norte - se constituyó en Estado monárquico y procuró extender su territorio.
Cuando Artajerjes III (Oco) llegó a ser rey de Persia, Filipo II (de 23 años de edad) subió al trono de Macedonia y comenzó la formación de un ejército nacional, y pronto obtuvo la supremacía sobre casi toda Grecia. Pero Filipo fue asesinado antes de que se pudiera ejecutar su plan de que una unión greco-macedónica atacara a Persia.