Mientras Roma se mantenía a la expectativa, observando cómo se destruían entre sí las casas de Seleuco y Tolomeo, Juan Hircano se convirtió de nuevo en un príncipe independiente, extendió su territorio en Palestina, y destruyó la ciudad de Samaria y el templo del monte Gerizim.
Los nabateos - pueblo árabe de Transjordania - que adquirieron bastante poder durante la declinación de los seléucidas, habían arrebatado territorio a los edomitas, muchos de los cuales se establecieron en el Neguev o Palestina del sur. Después Juan Hircano atacó a esos edomitas, llamados entonces idumeos, y los obligó a abandonar el país o a circuncidarse y convertirse al judaísmo (Josefo, Antigüedades xiii. 9. 1).
De esa manera los asmoneos, que al principio fueron paladines de la libertad contra la persecución religiosa, terminaron por imponer su religión a otros.
Este esfuerzo por unir las casas de Esaú y Jacob, plan que había fracasado en lo pasado, estaba destinado a causar muchos sufrimientos y pesares en años posteriores, cuando el idumeo Herodes gobernó a los judíos.
Juan Hircano encontró poca oposición externa, pero mucha dentro de su propia nación. Los hasidim - el fanático partido de los "piadosos" - se habían distanciado hacía algún tiempo de los sacerdotes-gobernantes asmoneos, cada vez más mundanos.
Juan Hircano pertenecía a los fariseos, como fueron llamados más tarde los principales representantes de los más antiguos hasidim. Pero, según la tradición, los fariseos lo ofendieron, por lo cual se unió con los saduceos (sucesores de los helenistas moderados más antiguos), y ese proceder suyo le granjeó el antagonismo del pueblo.
